Soudun järjestäjänä toimii Pohjois-Karjalan kuntien muodostama yhdistys Karelia-Soutu ry. Karelia-soutuun voi osallistua kirkkoveneellä, pienveneellä, kanootilla tai kajakilla yksin, kaksin tai isommalla porukalla. Upeita joki- ja järvimaisemia soudetaan kirkkovenereitillä noin 200 kilometriä ja pienvenereitillä noin 250 kilometriä.
Karelia-Soutu järjestettiin ensimmäisen kerran vuonna 1985 Niilo Komun toimesta. Komua järjestelyissä auttamassa oli lisäksi reitin varrella olevien kuntien edustajia ja Pohjois-Karjalan matkailuhenkilöstöä. Ensimmäisen vuoden osanottajamäärä jäi melko vaatimattomaksi, mutta soutu todettiin siitä huolimatta erittäin mielenkiintoiseksi, ja sillä arveltiin olevan potentiaalia kehittyä jopa Pohjois-Karjalan kesän matkailulliseksi kohokohdaksi. Soudun historian alkutaipaleella pienveneiden ja kirkkoveneiden soutureitti oli sama, kunnes vuonna 1990 katsottiin pienveneiden tarvitsevan suojaisamman reitin. Tällöin pienvenesoutu erotettiin alkavaksi Ilomantsista ja nykyään reitit yhtyvät Pielisjoella. Vuonna 2004 Karelia-Soutu järjestettiin kahdennenkymmenennen kerran. Tuona juhlavuonna otettiin käyttöön suosion saavuttanut yksittäisten kirkkovenepaikkojen myynti, jota on kehitetty siitä saakka. Soudun osanottajaennätys saavutettiin vuonna 1996, jolloin soutajia oli yhteensä yli 2600.