Kolmannessa soudussa vuonna 1987 päästiin osanottajamäärässä yli tuhanteen soutajaan. Toiseen Karelia-Soutuun kuuluttajaksi ja soudun vetäjäksi tuli Rainer 'Rosse' Rosenius, joka toimi soudun kehittäjänä ja jopa viime vuodet yhdistyksen puheenjohtajana aina vuoteen 1998 saakka. Hänen panoksensa soudun laajenemiseen ja tietynlaiseen 'Kareliasoutu-tunnelmaan' on ollut merkittävä ja tänä päivänä hän vaikuttaa soudussa yhdistyksen kunniapuheenjohtajana.
Vuonna 1994 nimettiin ensimmäiset soutuneuvokset. Tämän arvokkaan tittelin saa omakseen kun on soutanut kymmenen kertaa koko Karelia-Soudun läpi. Ensimmäiset Karelia-Soutu-neuvokset olivat Jouko Tuovinen, Pentti Kiiski ja Aulis Huikuri. Tämän jälkeen uusia neuvoksia on nimetty vuosittain sekä pienveneiden että kirkkoveneiden puolella. Lisäksi neuvos-nimityksen ovat saaneet myös kymmenen kertaa koko matkan mukana olleet toimitsijat ja turvavenemiehet. Neuvoksen tunnuksena on soutuliivi. 20-vuotisjuhlasoudussa oli mukana kaksi soutajaa, Aulis Huikuri ja Pentti Kiiski, jotka ovat soutaneet kaikki soudut läpi. Heidät nimitettiin Soutumestareiksi. Myös viisi kertaa läpi soutaneet huomioidaan Soudun kultaisella mitalilla (alkaen v. 2014).
Vuonna 1990 erotettiin pienvenesoutu kirkkoveneistä siten, että pienveneet lähtevät Ilomantsista ja tulevat Koitajokea pitkin Pielisjoelle, jossa soutu yhtyy kirkkovenereittiin. Pielisjoelta soudun päätepisteeseen Liperiin pienveneet etenevät pari tuntia aikataulullisesti edellä kirkkoveneitä.
Karelia-Soudun osanottajaennätys on vuodelta 1996, jolloin airoissa kävi yli 2600 soutajaa. Vuonna 2004 oli soudulla Juhlavuosi, soudettiinhan silloin kahdettakymmenettä kertaa ja järjestäjät panostivat soutajien viihtyvyyteen iltaohjelmien Teemalla "souva päevä, rieku ilta, ota mukkaas vaekka Hilta." Osanottajien määrä kasvoi edellisiin vuosiin verrattuna yli 150, ollen 1860. Uutuutena Juhlasoudussa oli yksittäisten kirkkovenepaikkojen myynti, joka onnistui hyvin ja sitä tullaan jatkamaan ja kehittämään. Soudun vuosikokous kutsui kokouksessaan toiseksi kunniapuheenjohtajakseen Kauppaneuvos Eino Tenhusen.
